Marco Balderi Seravezzában született. Zenei tanulmányait Luccában végezte, a Boccherini Zeneművészeti Főiskolán. Ezután a firenzei Cherubini Konzervatóriumban tanult. Karmesteri diplomáját a római S. Cecilia Konzervatóriumban szerezte. 1984-től 1989-ig olyan jelentős karmesterek asszisztense volt, mint C. Abbado, R. Chailly, C. M. Giulini, H. von Karajan, J. Levine, Z. Mehta, R. Muti.

Dolgozott a firenzei Teatro Communaleban, a Salzburgi Fesztiválon és a milanói Scalaban. 1992-től 1996-ig a Teatro Communale karmestereként több mint 270 produkcióban vett részt; köztük Schönberg Mózes és Áron című operájának bemutatóján Z. Mehtával. Karmesteri sikerei igazolásául megnyerte a salzburgi, a besanconi és az alexandriai nemzetközi versenyeket.

Repertoárja felöleli Beethoven, Brahms, Csajkovszkij, Mozart, Schumann teljes szimfonikus életművét, az egyházi és a világi kórus- és szólóirodalom számos darabját (650 felvételt készített), valamint az operairodalom nagyjait. Vezényelt a szöuli olimpiai játékok megnyitóján is. Tizenkét éve a nijgatai (Japán) Ongakoyoku Fesztivál művészeti igazgatója, két éve vezeti a Torre del Lago-i Puccini Fesztivált.

1994-ben megkapta a Pegaso-díjat, 1998-ban a Római Szépművészeti Akadémia „Tutor dei Campus Castle” díját. Legutóbbi fellépései: Római Operaház, Mexikó City, Touluse, Bordeaux-i operaház, Fannio-i Szinház, ahol a Bohémélet című operát vezényelte, melynek rendezője Luciano Pavarotti volt.